در دوره جدید مدیریت تربیت بدنی بر پرسپولیس نیز فراز و فرودهای بسیاری برای مردمی ترین تیم ایران به وجود آمد.
پس از آرامش نسبی مشخص شدن مالک بعد از سالها این بار تغییرات دولت ها بود که این باشگاه را آماج تغییرات و آشفتگی ها قرار میداد. مدیریت های مختلف روی کار آمده در طول این سالها چیزی جز نزول این تیم در فوتبال ایران را در پی نداشت و تنها افتخار این تیم با قهرمانی در اولین دوره لیگ برتر بدست آمد. طی این سالها و در پی نتایج ضعیف پرسپولیس رئیس وقت سازمان تربیت بدنی اکبر غمخوار را به عنوان مدیرعامل پرسپولیس منتصب کرد تا سیاست عدم وابستگی به اشخاص از جمله پروین در پیش گرفته شود. حاصل این سیاست یعنی خروج اجباری پروین از پرسپولیس ایجاد دودستگی در باشگاه و هواداران بود که به شکست کامل و بازگشت پروین انجامید. در سالهای پس از افول پرسپولیس، کنار گذاشتن و بازگرداندن پروین و تغییرات متعدد مدیریتی آن قدر ناگوار بود که این محبوب ترین و مردمی ترین تیم تاریخ ایران از جایگاه واقعی خود کاملا دور شد.